Os benefícios do Pilates para os atletas se encaixam exatamente na prevenção de lesões. Um dos principais erros cometidos por atletas profissionais ou não é focar o fortalecimento em apenas uma parte do corpo. Exemplo, o corredor irá focar o fortalecimento em toda a musculatura de sua perna e apenas exercitar o restante de seu corpo.
O Pilates trabalha com fortalecimento e alongamento de todas as partes do corpo humano. Não há um único músculo que não seja fortalecido em seus exercícios. Ele trabalha com o equilíbrio da musculatura. E mesmo sendo praticamente inevitável que um atleta se lesione ao menos uma vez em sua carreira, o trabalho de fortalecimento e flexibilidade muscular proporcionado pelo Pilates faz com que essas situações sejam menos corriqueiras possíveis ou que a recuperação seja mais precisa e breve.